自然文明にいまだかつてない危機がせまる・・・！突如として姿を現した闇の巨大生物メガロ・デストロイトは自然文明に毒ガスをまき散らし、大地を汚染していく。異変に気付いたジョーとミノマルは必死に止めようとするが・・・。